Agglutinine de l’ortie piquante Urtica dioica : Une protéine végétale candidate pour l’inhibition du domaine de liaison des récepteurs du SARS-CoV-2 et pour le contrôle de l’infection à la Covid-19

19 août 2022

L’agglutinine de l’ortie piquante

Une étude iranienne du 28 juillet 2022 vient de montrer le potentiel de l’agglutinine, une protéine végétale de l’ortie piquante Urtica dioica comme canditate pour l’inhibition du domaine de liaison des récepteurs du SARS-CoV-2 et ainsi pour le contrôle de l’infection à la Covid-19: https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0268156

« Malgré l’utilisation de médicaments et de vaccins efficaces contre la COVID-19, en raison de certaines limites des stratégies actuelles et du taux élevé de mutation du coronavirus, la mise au point de médicaments ayant une activité inhibitrice efficace contre cette infection est essentielle. Le SRAS-CoV-2 pénètre dans la cellule en attachant son domaine de liaison des récepteurs (RBD) de Spike à l’enzyme de conversion de l’angiotensine-2 (ACE2). Selon des études antérieures, le peptide naturel Urtica dioica agglutinine (UDA) a montré un effet antiviral sur le SRAS-CoV, mais son mécanisme n’a pas été précisément élucidé. Ici, nous avons étudié l’interaction entre l’UDA et la RBD de la protéine Spike du SRAS-CoV-2. Ainsi, l’arrimage protéine-protéine de RBD-UDA a été effectué en utilisant Cluspro 2.0. Pour confirmer davantage la stabilité du complexe, le complexe amarré RBD-UDA avec une affinité de liaison plus élevée a été étudié en utilisant la simulation dynamique moléculaire (via Gromacs 2020.2), et MM-PBSA a calculé l’énergie libre de liaison du système. De plus, un test ELISA a été utilisé pour examiner la liaison de l’UDA avec la protéine RBD. Les résultats ont été comparés à la méthode ELISA des échantillons d’IgG sérique en convalescence liés à la RBD (de donneurs qui se sont rétablis de la COVID-19). Enfin, la toxicité de l’UDA est évaluée au moyen d’un essai MTT. Les résultats de l’amarrage montrent que l’UDA se lie au site de liaison de la RBD. La simulation MD illustre que le complexe UDA-RBD est stable pendant 100 ns de simulation, et l’énergie de liaison moyenne a été calculée à -47,505 kJ/mol. Les résultats ELISA et MTT montrent que l’UDA se lie à la RBD comme la liaison IgG-RBD et peut être sans danger dans les cellules humaines. Les données présentées ici indiquent que l’interaction de l’UDA avec la protéine S inhibe les sites de liaison de la RBD, elle peut empêcher le virus de s’attacher à l’ACE2 et d’entrer dans la cellule hôte. »

Figure 1.
a. Fixation du SRAS-CoV-2 à la cellule hôte b. La structure cristalline du complexe RBD-ACE2, les résidus RBD qui interagissent avec l’ACE2, sont représentés sous forme de bâtons rouges (PDB ID : 6lzg). c. Interactions RBD ACE2 (pont de sel : rouge, liaison hydrogène : bleu, contact non lié : orange).

Fig. 3.
Comparaison du complexe amarré UDA-RBD avec la structure cristalline de RBD-ACE2 (a). Diagrammes LigPlot+ de la structure cristalline RBD-ACE2 (b) et des interactions RBD-UDA amarrées (c).
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0268156.g003

Bernard SUDAN

Ex Chef de laboratoire en toxicologie et pharmacologie LabHead Ciba-Geigy, CIBA, Novartis, Bâle, 1975-2006 Research Nicotine as a hapten in seborrheic dermatitis, The Lancet, British Medical Journal, British Journal of Dermatology, Food and Chemical Toxicology, « Nicotine and Immunology » in Drugs of Abuse and Immune Function Ronald R. Watson ed.

https://www.dermiteseborrheique.net

https://www.bernardsudan.net/

https://www.youtube.com/channel/UCeQB3vdsKeZU-E0zORZr0vQ?view_as=subscriber

https://blogs.mediapart.fr/bernard-sudan/blog/110720/dermite-seborrheique-et-fiasco-de-la-recherche-en-dermatologie

https://blogs.mediapart.fr/bernard-sudan/blog/170818/de-1887-2020-l-effondrement-du-dogme-de-la-dermite-seborrheique